实行两税合并改革，无疑是基于简化税制、便于监管和公平税负的考虑，出发点是好的，但前提是，应最大程度发挥两税的协同效应，也即合并后的房地产税应具有合并前房产税与土地税的功能复合与叠加效应。这是因为，我国具体国情和经济发展的阶段性特征，决定了房产税与土地税的功能效应与税制设计初衷和目标的一致，尽管两税至今“无缘”私人房产的制度性缺陷，以及“扩围”改革中的步履蹒跚、举步维艰情形，在一定程度上抑制和弱化了这种一致性。

　　由此，实行两税合并改革，自然应以税制设计的初衷和目标为导向，以机制要素的整合与优化提升为手段，以功能效应的聚集与协同为目的，体现在具体的合并方式上，也即是合并方式本身不能与这一要求相掣肘，更不能相悖逆。

　　按照税制沿革的一般规律，两税合并不外乎两种方式：一种是间接合并，也即取消房产税和土地税，设立新的统一的房地产税，并按其性质和计征方式的不同设置若干税目，类似于现行的个人所得税制；另一种是直接合并，也即在现有房产税制的基础上，通过归并土地税，将其“改造升级”为统一的房地产税。

　　显而易见，两种合并方式相比，间接合并明显优于直接合并。因为前者合并前后只是形式有别，而无实质差异，后者则完全不同。因此，选择间接合并方式，是当前我国房地产税收制度改革的合宜性制度安排。

　　首先，符合我国国情。据《全国主体功能区规划》提供的数据显示，我国人均土地面积仅是欧洲的一半，不到美国的1/4。在土地总量中，我国平原面积仅占12%，美国和欧洲则分别为40%和59%。从全国整体看，考虑到确保粮食安全的土地需求，真正可用于城镇化发展的国土面积只有28万平方公里，约占全国国土总面积的3%。可见，我国未来的城镇化发展必须将节约集约用地、提高土地资源配置效率作为始终坚持的主基调。体现在房地产市场上，就需要通过建立完善以统一的房地产税制为主体、行政手段(容积率等)为补充、预期管理为配套措施的多层次调节体系，为房地产市场提供定向激励装置，让房产所含土地面积成为房产持有和需求管理的重要决策变量，从而达到节约集约用地、提高土地资源配置效率的目的。这其中，“土地税”的巧妙设计和合理安排至关重要，这就客观上需要一部间接合并方式的房地产税制为依托。

　　其次，合乎税制设计的初衷和目标。房产税以房产保有环节房产现值或租金收入为计税依据，土地税以房产保有环节房产所含土地价值为计税依据。前者定位为税制结构优化、贫富差距调节和房价“维稳”，后者定位为促进节约集约用地、提高土地资源配置效率。间接合并能够改变直接合并下税收与房价单一直线关系，功能啮合与优势互补效应大大增强，合乎房地产税制设计的初衷和目标。

　　第三，便于拓展功能整合空间。土地不仅是重要的基础性自然资源，也是重要的战略性经济资源。土地作为具有标识意义的具象化了的地理空间位置，其之于房产的实质，是城镇化集聚效应、公共基础设施投资等带来的或预期将会带来的“效用”或“便利性”之于房产所有权人。土地的这一性质决定了，房地产税的功能边界除了房产保有环节外，还应拓展至房地产开发和交易环节。将土地增值税、房产交易税、城建税等相关税种统一整合到房地产税框架内进行集中管理，并在税率设计上，对土地闲置，生产性、商业性用地等分别适用不同的税率档次，是未来房地产税制优化的基本方向。而所有这些安排，唯有在间接合并方式下的房地产税制框架内，通过适当的税目设置方可实现。

　　第四，不存在重复征税问题。有学者认为，房产税税基包含土地因素，再对房产征收土地税有重复征税之嫌。这是主张实行直接合并设想的主要理由。其实，这一理由是站不住脚的。所谓重复征税，是指“同税基、同目标”的税制安排。对于基于不同的税收调节目标，对相同的税基课征不同税种的行为则是一种普遍的现象，不属于重复征税的范畴。这方面的例子很多，如以燃油为税基征收的燃油税、消费税等。更何况税收调节目标不同，税基差别也很大的房产与土地税呢？

　　第五，符合国际惯例。从国际税收实践来看，凡是历史上曾经出现过城镇化快速发展、土地资源匮乏和人地矛盾突出问题的国家，均程度不同地实行过两税并存以致间接合并的制度。处于城镇化快速发展、土地资源匮乏、人地矛盾更加突出、资源环境压力更大、情况更加复杂的我国，当然也不能例外。